Faktyczną działalność Dowództwo rozpoczęło w dniu 1 lipca 2004 roku. Niespełna rok później komisja certyfikująca Sztabu Generalnego potwierdziła pełną zdolność operacyjną dowództwa. Od tego czasu przejęło ono dowodzenie siłami biorącymi udział w operacjach wspierania pokoju i stabilizujących, między innymi w Iraku oraz Afganistanie, kierowanie udziałem wydzielonych jednostek wojskowych w sytuacjach kryzysowych i klęsk żywiołowych na terenie kraju oraz prowadzenie ćwiczeń zgrywających wydzielone komponenty w operacjach połączonych. Na pierwszego Dowódcę Operacyjnego wyznaczony został generał broni Henryk Tacik.
 
Z dniem 1 stycznia 2014 roku na mocy Ustawy z dnia 21 czerwca 2013 r. o zmianie ustawy o urzędzie Ministra Obrony Narodowej oraz niektórych innych ustaw (Dziennik Ustaw z 29 lipca 2013r. poz. 852) utworzone zostało Dowództwo Operacyjne Rodzajów Sił Zbrojnych (DO RSZ).