Wszyscy doktoranci Szkole Doktorskiej WAT, którzy nie posiadają stopnia naukowego doktora otrzymują stypendium doktoranckie. Łączny okres pobierania stypendiów doktoranckich we wszystkich szkołach, w których kształcił się doktorant, to 4 lata. Doktorantom z niepełnosprawnościami przysługuje zwiększenie stypendium doktoranckiego (o 30%). Doktorantów obejmuje się ubezpieczeniami społecznymi (emerytalno-rentowym i wypadkowym). Wysokość stypendium doktoranckiego może być uzależniona od osiągnięć doktoranta. Zasady wypłacania i zawieszania wypłacania stypendium oraz jego zwiększania określa Regulamin stypendium doktoranckiego

Wysokość miesięcznego stypendium doktoranckiego wynosi, co najmniej:

• 37% wynagrodzenia zasadniczego profesora – do miesiąca, w którym została przeprowadzona ocena śródokresowa – min. 2 104,65 netto;
• 57% wynagrodzenia zasadniczego profesora – po miesiącu, w którym została przeprowadzona ocena śródokresowa – min. 3 242,29 netto

W przypadku zatrudnienia doktoranta w wymiarze przekraczającym połowę pełnego wymiaru czasu pracy jako nauczyciela akademickiego albo pracownika naukowego po ocenie śródokresowej zakończonej wynikiem pozytywnym, stypendium doktoranckie wynosi 40% wysokości miesięcznego stypendium ustalonego na rok akademicki,

Wysokość stypendium doktoranckiego na rok akademicki ustala Rektor.