Wyższą Szkołę Oficerską im. Tadeusza Kościuszki ukończył w 1995 roku. Pierwsze stanowisko objął w 1. Brygadzie Pancernej w Wesołej, gdzie pełnił służbę od dowódcy plutonu do stanowiska szefa sztabu batalionu czołgów.
 
W latach 2002 – 2004 ukończył studia magisterskie na Wydziale Zarządzania i Dowodzenia Akademii Obrony Narodowej. Następnie kontynuował służbę w 1. Brygadzie Pancernej w Wesołej jako zastępca dowódcy batalionu czołgów.
 
W 2005 oraz 2007 roku pełnił służbę poza granicami kraju, w ramach V i IX zmiany PKW Irak na stanowiskach: Specjalisty Wydziału Szkolenia G-7 oraz Komendant Bazy.
W 2007 roku objął stanowisko Szefa Sekcji Operacyjnej w Dowództwie 1. Dywizji Zmechanizowanej w Legionowie. W latach 2009 – 2012 dowodził 3. Zamojskim Batalionem Zmechanizowanym w Zamościu oraz w 2010 r. podczas VII zmiany w Islamskiej Republice Afganistan, gdzie batalion tworzył Grupę Bojową BRAVO.
 
Po powrocie z misji pełnił obowiązki Szefa Wydziału Operacyjnego G-3 w Dowództwie 16. Dywizji Zmechanizowanej w Elblągu. W latach 2013 – 2014 podwyższył swoje kwalifikację kończąc podyplomowe studia dowódczo – sztabowe na Wydziale Zarządzania i Dowodzenia w Akademii Obrony Narodowej.
 
Od 2014 roku rozpoczął służbę w Dowództwie Generalnym Rodzajów Sił Zbrojnych jako Starszy Specjalista Oddziału Szkolenia, a następnie Szef Oddziału Ćwiczeń. W latach 2016 – 2018 r. Pełnił obowiązki Zastępcy Dowódcy 1. Brygady Pancernej. W 2017r. dowodził Polskim Kontyngentem Wojskowym RSM podczas VI zm. w Afganistanie.
 
Od 2018 roku wyznaczony został na stanowisko Szefa Szkolenia 16. Pomorskiej Dywizji Zmechanizowanej. W 2020 r. ukończył Podyplomowe Studia Polityki Obronnej w Akademii Sztuki Wojennej. Zgodnie z decyzją Ministra Obrony Narodowej z dnia 27 października 2021 r. Pułkownik Piotr Fajkowski wyznaczony został na stanowisko dowódcy 15. Giżyckiej Brygady Zmechanizowanej im. Zawiszy Czarnego.